在商业合作中，有时可能会出现企业因各种原因扣供应商货款的情况，而这时候如何正确开票就成了一个关键问题。
明确扣款原因及性质
当要扣供应商货款时，首先得清楚扣款的原因到底是什么。比如是因为货物质量有问题，还是交货延迟等。不同原因导致的扣款，在开票处理上会有所不同。如果是质量问题扣款，这部分其实可以看作是对供应商提供不符合要求货物的一种赔偿扣除，它并非正常的采购支出减少；若是交货延迟扣款，更多是对其违约行为的一种经济惩处性质的扣除。明确这些性质，有助于后续准确开票。
按规定开具红字发票
在确定了扣款原因及性质后，如果之前已经对全部货款开具了正常的蓝字发票，那么现在要扣除部分货款，通常就需要开具红字发票来冲减。以增值税发票为例，购买方也就是扣款方要在开票系统里填写红字发票信息表，注明是因为销售折让（比如因质量问题的扣款可视为一种销售折让情况）或者是销货退回（若因货物不符合要求导致退货扣款部分）等原因需要开具红字发票。填写好信息表并上传审核通过后，销售方也就是供应商依据这个信息表来开具红字发票，然后把红字发票交给购买方，购买方就可以凭此红字发票冲减相应的进项税额和应付账款等，从而准确反映出实际应付货款金额。
直接调整开票金额情况
还有一种情况，如果是在还未对全部货款开具发票时就确定了要扣除部分货款，那么就可以直接按照扣除后的实际应付款金额来开具发票。比如原本采购货物金额是10万元，现在要扣除因质量问题的1万元货款，那么就可以直接开具9万元的发票给供应商，这样在账务处理和税务申报上也能较为清晰准确地反映实际业务情况。
扣供应商货款时开票要依据扣款原因、是否已开票等具体情况，按照相关税务规定，通过合理开具红字发票或直接调整开票金额等方式，来准确反映业务往来中的实际货款支付情况，确保财务和税务处理的规范准确。
